Une jolie régression qui est passée inaperçue !
La dernière étape ne s'affiche pas sur la fenêtre des opérations. En fait la fusion des fichiers semble bien s'effectuer malgré cela (on clique sur la croix en haut à droite de la fenêtre pour la fermer). Vous pouvez le vérifier aisément en faisant l'addition des personnes des deux fichiers de départ ; cette somme doit correspondre au nombre de personnes du nouveau fichier.
On peut utiliser une autre fonction pour faire la même chose : "Utilitaires/Fiches/Extraction, copie,..." mais c'est le petit fichier que l'on ouvre d'abord et l'on fait la copie de toutes les fiches vers le gros.